Ponieważ gniazdo pełni ważną rolę w życiu bocianów (więcej na temat roli gniazda: http://bociany.pl/blog/2014/05/18/gniazdo-jakie-pelni-role-w-bocianim-zyciu), dlatego jest zrozumiałe, że właśnie o gniazda toczą bociany niekiedy zacięte i długotrwałe walki i to zarówno w terenach o wysokim jak i niskim zagęszczeniu. Potyczki toczą się tak na gnieździe jak i w powietrzu. Przebywający na gnieździe ptak lub para pilnie obserwują otoczenie i niebo i reagują klekotaniem i niepokojem na pojawienie się jakiegokolwiek obcego ptaka. Zdarza się, że napastnik próbuje przepędzić jednego z partnerów, czemu spokojnie przygląda się „współmałżonek” i przyjmuje bez protestów zwycięzcę takiej potyczki. Jeśli w gnieździe są już jaja, to z reguły para wspólnie broni lęgu, choć i w takich przypadkach dochodzi niekiedy do zmiany partnera, a wtedy jaja są wyrzucane i składanie rozpoczyna się na nowo. Bywa, że o opanowanie zajętego wcześniej gniazda walczą dwie pary ptaków. W efekcie dochodzi do walk wszystkich czterech ptaków. Konflikty te trwają od kilku godzin do kilku dni i przybierają bardzo różne formy oraz stopień nasilenia – od postawy grożącej lub przepychanek, aż do walk w powietrzu. Niekiedy zmagania w powietrzu toczone są przez jednego ptaka z pary, a drugi stojąc na gnieździe broni lęgu. W walce używane są dzioby i skrzydła, niekiedy zdarzają się uparcie ponawiane próby zepchnięcia intruza, np. z dachu. W pewnej liczbie przypadków ciosy zadane dziobami są tak silne, że poranione ptaki giną. Do starć najczęściej dochodzi w okresie zajmowania gniazd i składania jaj, potem ich nasilenie szybko maleje i w drugiej połowie maja zdarzają się już rzadko. Walki bocianie toczą się najczęściej na gniazdach lub w ich pobliżu, co w przypadku biegnących w sąsiedztwie przewodów energetycznych stwarza szczególne niebezpieczeństwo porażenia ich uczestników. Wiele obserwacji wskazuje, że sukcesy w walkach odnoszą ptaki, które w poprzednim roku zasiedlały dane gniazdo. Prawdopodobnie fakt ten stwarza dobrą motywację do obrony swej „własności”. Jest znamienne, że batalie toczą się często nawet jeżeli w pobliżu są inne niezajęte gniazda. Ptakami atakującymi mogą być także ptaki (trzyletnie lub nawet starsze), które nie osiągnęły jeszcze dojrzałości płciowej, co by wskazywało, że popęd do zajmowania gniazda wykształca się wcześniej niż rozwój fizjologicznej zdolności do rozrodu.