Bociany białe zamieszkujące Europę dzielą się podczas wędrówki na dwie grupy: populację zachodnioeuropejską (ptaki gnieżdżące się mniej więcej na zachód od Łaby), która wędruje przez Hiszpanię, cieśninę Gibraltarską do Afryki Środkowej i Zachodniej oraz populację wschodnioeuropejską (ptaki gnieżdżące się na wschód od rzeki Łaby), która wędruje przez Bałkany, cieśninę Bosfor, Turcję, dolina Jordanu, dolina Nilu. Czas wędrówki obfituje w zagrożenia. Pokonywanie długich dystansów zwiększa ryzyko. Do bardzo częstych śmiertelnych wypadków na trasie wędrówki należą zderzenia z liniami energetycznymi lub okaleczenia bądź śmiertelne porażenia prądem podczas siadania na różnego typu słupach elektroenergetycznych i słupach wysokiego napiecia. Ważnym czynnikiem zagrażającym bocianom w czasie wędrówek stanowi rozwój turystyki na bliskim wschodzie. Zabudowa infrastruktura turystyczną miejsc dotychczas wykorzystywanych przez ptaki wędrowne jako miejsca odpoczynku i wodopoju stanowi bardzo istotny czynnik wpływający na śmiertelność wielu ptaków wędrownych w tym bocianów. Opryski przeciwko szkodnikom upraw w Afryce zagrażają bocianom w momencie zjadania przez ptaki podtrutych owadów, a także przez spożywanie zatrutej wody. Do kolejnych zagrożeń możemy zaliczyć polowania. W niektórych krajach wynikają one z potrzeby zdobycia pożywienia, ale w niektórych krajach arabskich strzelanie do przelatujących ptaków stanowi rozrywkę i ćwiczenie celności. Naturalnym czynnikiem jest nagła zmiana pogody, gdy zaskoczone ptaki muszą przeczekiwać na przykład burze piaskowe na ziemi, w niedogodnych warunkach. Trasy przelotu bocianów przebiegają nad Izraelem i krajami sąsiednimi. Przelot przez ten zapalny rejon stwarza zagrożenie zderzenia z samolotami wojskowymi. Młode bociany zostają na Czarnym Lądzie około dwóch-trzech lat, do momentu osiągnięcia dojrzałości płciowej.